Вы неверно понимаете, что такое управляющий массив, и каким боком он приторочен.
Коллекция контролов - плоская. А управляющий массив - это дополнительная структура, пришитая к коллекции ссылками из свойства Индекс контрола.

Создайте форму, положите на неё три контрола (скажем, текстбокса), причём один свободный, а два - с управляющим массивом. Присвойте всем им разные .Text, чтобы различать. Запустите проект. Остановите (скажем, брейком на End Sub в Form_Load). Откройте окно Locals и изучите свойства итемов коллекции Controls формы.

в коллекции может быть массив контролов, отличаются эти контролы тем, что у них одинаковые имена и определены индексы, именно индексами они и отличаются.

Во-первых, Вы добавляете не в массив, а в коллекцию Controls.
Во-вторых, Вы излишне вольно обходитесь с параметрами.

В коллекции дублирование имён (вернее, ключей) невозможно.

добавлять контролы в массив контролов