Boinc - Распределенные вычисления на благо науки! , BOINC (англ. Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) — открытая программная платформа университета Беркли для грид-вычислений — некоммерческое межплатформенное ПО для организации распределённых вычислений.

[Programma_Boinc]

Простой World Community Grid в декабре

Продолжительный простой World Community Grid будет с 7 декабря 2024 года по 3 января 2025 года.

Опубликовано: 5 декабря 2024 г.

Мы определили, что перенос инфраструктуры BOINC на другой сайт во время простоя нецелесообразен, и мы все еще ждем ответа от персонала UHN, который управляет нашими записями DNS, чтобы узнать, когда мы сможем переключить веб-сайт и форумы на альтернативный сайт.

Как отметили пользователи на форумах, не имело смысла начинать отправлять новые рабочие единицы ARP1, учитывая неизбежный простой, и мы прекратили производить новые рабочие единицы MCM1 сегодня, чтобы, как мы надеемся, дать возможность загрузить большую часть невыполненных рабочих единиц.

Когда мы отключимся, после того как весь трафик на серверы загрузки будет остановлен, сроки для невыполненных рабочих единиц будут продлены, чтобы покрыть время простоя.

С улучшениями в облачной среде мы были проинформированы, что проблема с сетевыми агентами в нашей облачной среде, приводящая к тому, что экземпляр базы данных веб-сайта и форумов становится недоступным в сети до тех пор, пока не вмешается хостинг (из-за сбоя в прошлые выходные и многих предыдущих сбоев), будет устранена.

Чтобы быть в курсе любых проблем, пожалуйста, посетите веб-страницу Jurisica Lab.
https://www.cs.toronto.edu/~juris/jlab/wcg.html

[Programma_Boinc]

Результаты нового поиска Einstein@Home в общедоступных данных LIGO были опубликованы в The Astrophysical Journal: «Глубокий поиск Einstein@Home непрерывных гравитационных волн из центральных компактных объектов в остатках сверхновых Vela Jr. и G347.3-0.5 с использованием общедоступных данных LIGO».

Статья также доступна на сервере препринтов arXiv.

Наша работа описывает «направленный поиск» в данных второго и третьего сеансов наблюдений LIGO (O2 и O3). Мы искали непрерывные гравитационные волны, испускаемые вращающимися деформированными или колеблющимися нейтронными звездами, оставшимися в остатках сверхновых Vela Jr. и G347.3-0.5. Поскольку положения этих нейтронных звезд на небе известны, нам не нужно тратить вычислительное время на их поиск. Это позволяет нам «копать глубже» в данные и обнаруживать более слабые сигналы, которые мы могли бы пропустить. На нашей специальной веб-странице вы найдете больше информации о различиях между поисками гравитационных волн по всему небу, направленными и целевыми поисками гравитационных волн Einstein@Home.

Помимо прочего, результаты дают самые строгие ограничения на излучение гравитационных волн нейтронной звездой в G347.3-0.5 и ее деформацию. Поскольку мы не обнаружили непрерывных гравитационных волн, быстро вращающаяся нейтронная звезда в этом остатке сверхновой может отличаться от идеальной сферы не более чем на одну часть на миллион.

Большое спасибо всем вам, кто делает эту работу возможной, жертвуя циклы со своих компьютеров!

Если вы хотите узнать больше, просто ответьте на это сообщение на нашем форуме для обсуждения.

Опубликовано от имени М. Алессандры Папы

https://www.aei.mpg.de/continuouswaves
https://iopscience.iop.org/article/10.3847/1538-4357/ad8b9e
https://arxiv.org/abs/2408.14573
https://einsteinathome.org/content/gravitat...l-wave-searches
https://www.aei.mpg.de/continuouswaves

[Programma_Boinc]

От того, что вы все вместе сделаете в течение следующих 35 дней, будет зависеть, будет ли PPSE включен в Тур де Прайм 2025 года.

Если вы хотите помочь PPSE включиться в Tour de Primes (TdP) этого года, запустите PPSE и НЕ запускайте GFN-17.

PPSE примерно на 10 тысяч цифр ниже того, что необходимо в настоящее время для получения права на T5K и, следовательно, на TdP.

Можно компенсировать разницу во времени, оставшемся до начала TdP (1 февраля), но в настоящее время к T5K добавляется множество новых простых чисел, и каждое новое простое число повышает порог.

В первую очередь это простые числа GFN-17.

Ваш выбор прост: запустите PPSE, и у вас будет больше шансов получить простой проект, с помощью которого вы сможете заработать значок TdP в феврале. Запустите GFN-17, и вам, вероятно, понадобится найти мегапрайм, чтобы заработать значок TdP.

Каждый, конечно, волен запускать любые проекты, которые хочет. Однако полезно иметь информацию, необходимую для принятия обоснованного решения.

https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=10734#177684

[Programma_Boinc]

Запущен новый российский BOINC-проект ODLK2025
https://boinc.mak.termit.me/odlk2025/

Этот проект является подпроектом BOINC-проекта SPT, но никоим образом с ним не пересекается.
Потому что в SPT диапазон поиска до 2^64, а в проекте ODLK2025 мы идём гораздо дальше.

Смотрите краткое описание проекта здесь
https://boinc.mak.termit.me/odlk2025/forum_thread.php?id=3

У этого проекта интересное ПО, смотрите
https://boinc.mak.termit.me/odlk2025/forum_thread.php?id=13

Приглашаю всех форумчан с их друзьями и знакомыми присоединиться к новому проекту!

[Programma_Boinc]

Миссия "Gaia" завершила 11-летнюю работу по картированию Галактики из-за истощения топлива.

Очень интересное событие произошло, которое также касается и участников проектов распределённых вычислений, в частности проекта Gaia@Home, который анализирует данные с одноимённого космического телескопа.

Появилась следующая новость: “15 января миссия "Gaia" завершила 11-летнюю работу по картированию Галактики из-за истощения газового топлива. Аппарат будет уведён на орбиту захоронения подальше от Земли из точки Лагранжа L2, а учёным понадобятся ещё годы, чтобы закончить обработку данных.”

Так вот, эта новость, это событие должно привлечь участников распределённых вычислений проекта Gaia@Home – теперь ведь становится, что этот проект становится не бесконечным проектом, а становится проектом, решающим конечную задачу, чтобы обработать уже до конца полученные данные, новые ведь данные в проект поступать не будут.

Это очень важное событие в области астрономии и распределённых вычислений. Это должно привлечь в проект распределённых вычислений Gaia@Home новых участников, усилить мощность проекта, чтобы не как в статье “а учёным понадобятся ещё годы чтобы закончить обработку данных”, а эти годы не растягивать, а данные быстрее обработать на обычных компьютерах.

Единственное, что сейчас счётное приложение Gaia@Home есть только под Linux, под Windows нет.

https://www.esa.int/Science_Exploration/Spa...d-breaking_Gaia

[Programma_Boinc]

Вот, достался такой телефон Samsung SM-G970 Galaxy S10e. Теперь он будет считать Boinc.

[img]https://sun9-52.userapi.com/impg/WSDh5AvzJirWqFv1xkOsw1ZNCRW4YNRLOoIVPQ/I5FnvlFFwsw.jpg?size=1627x2160&quality=95&sign=3f8dc4a321c38cf0fc141697e280ea57&type=album[/img]

[Programma_Boinc]

Присоединяйтесь к вызову «В память о Дилане Буччи»

19 февраля, базирующаяся в Виннипеге, кибер - академия старшей школы Сислера начнет командный вызов, который продлится 19 дней.

Опубликовано: 12 февраля 2025 года

Вклад кибер - академии в WCG давно постоянно поддерживается благодаря помощи учителя и главы департамента г -на Роберта Эспозито и нескольких высокопроизводительных студентов. Один из них, Дилан Буччи, провел много часов своего свободного времени, реконфигурируя дюжину пожертвованных серверов, и в течение года он внес 168 лет обработки времени на исследования рака мировой общины.

К сожалению, у Дилана была диагностирована саркома Юинга на 4 -й стадии летом 2020 года. Академия.

Чтобы отпраздновать страсть Дилана к исследованиям рака и в честь его очень ценного вклада в исследования WCG, академия начала челлендж «В память о Дилане Буччи», где дата начала - это продолжительность жизни Дилана и его возраст.

Вы можете присоединиться к команде и внести свой вклад в Memorial Challenge Дилана.

https://www.sislercyberacademy.org/
https://www.worldcommunitygrid.org/team/cha...allengeId=11003

[Programma_Boinc]

Einstein@Home сегодня исполняется двадцать лет!

Отправлено 19 февраля 2025 года в 17:20:21 UTC

Я хочу поздравить всех наших волонтеров, разработчиков и ученых из Einstein@Home.

Мы официально запустили Einstein@Home 19 февраля 2005 года, ровно 20 лет назад, на ежегодном собрании Американской ассоциации содействия развитию науки (AAAS) в Вашингтоне, округ Колумбия.

С тех пор почти полмиллиона человек предоставили свои вычислительные мощности Einstein@Home.

Einstein@Home проводит самые тщательные поиски непрерывных гравитационных волн и продолжает устанавливать самые жесткие ограничения для этой еще не открытой популяции. Мы обнаружили более 90 новых пульсаров радио - и гамма-излучения, включая ряд экстремальных и экзотических примеров. Результатом проекта стали 38 рецензируемых публикаций в научных журналах, а также десятки докторских диссертаций.

Большое спасибо всем, кто принимал в нем участие!

Брюс Аллен Директор, Einstein@Home

https://einsteinathome.org/content/einstein...years-old-today

[Programma_Boinc]

В память о Дилане Буччи завершается конкурс "Более 600 лет ЦП на исследования рака".

Кибер-академия Sisler заняла 1-е место по итогам конкурса, который стартовал 19 февраля и продолжался 19 дней.

Автор: доктор Игорь Юришика, Исследовательский институт Крембил, Университетская сеть здравоохранения, Торонто

Опубликовано: 12 марта 2025 г.

Кибер-академия Sisler при поддержке своего руководителя г-на Роберта Эспозито организовала командный конкурс "В память о Дилане Буччи" в World Community Grid, который стартует 19 февраля и продлится 19 дней.

19-дневная программа и дата ее начала посвящены дню кончины Дилана и его возрасту. Благодарим команду Кибер-академии Sisler из Манитобы, Канада, за организацию компьютерного конкурса. Нет лучшего способа почтить память Дилана, чем мобилизовать больше поддержки для исследований рака.

Также невероятно приятно видеть, как с годами расширяется наследие Дилана Буччи в клубе Dylan Bucci WCG в Сислере. Среди 66 активных команд команда Sisler Cyber Academy заняла первое место по итогам конкурса с огромным отрывом, набрав почти 500 миллионов баллов.

Мы все несем эстафету, и мы благодарим всех участвующих волонтеров и команды, которые всего за 19 дней создали производительность, эквивалентную более чем 600 процессорным годам вычислений!

Каждый вклад помогает - и вместе мы сможем изменить ситуацию к лучшему. Спасибо».

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us...s?articleId=821

[Programma_Boinc]

Результаты исследования от команды MCM (март 2025 г.)

Скрытый текст

Результаты исследования от команды MCM (март 2025 г.)

В рамках наших текущих исследований мы продолжаем изучать гены, которые имеют наибольшую вероятность развития рака легких, выявленные в рамках проекта "Картирование онкомаркеров" (MCM). В продолжение нашего предыдущего исследования GCM1, в этом обновлении рассматривается ген DYNLT1 (динеиновая легкая цепь Tctex-тип 1), играющий ключевую роль во внутриклеточном транспорте и патофизиологии рака.

Опубликовано: 18 марта 2025 г.

Терминология

Динеиновый моторный комплекс: Группа белков, ответственных за транспортировку клеточного груза по микротрубочкам в клетке.

Первичные реснички: сенсорные органеллы на поверхности клетки, которые играют роль в передаче сигналов и регуляции клеточного цикла.

Онкогенные нуклеопорины: Мутировавшие или аномально экспрессируемые белки из комплекса ядерных пор, которые стимулируют прогрессирование рака.

Прогностический маркер: биологический признак, связанный с клиническими исходами, такими как выживаемость или прогрессирование заболевания.

Фон

Проект MCM направлен на выявление молекулярных признаков, которые отличают рак легких от здоровых людей. Среди 26 генов, получивших высокую оценку, DYNLT1 выделяется благодаря своему участию во внутриклеточных транспортных механизмах и его значению в биологии рака.

Этот белок, некаталитический компонент цитоплазматического динеинового моторного комплекса, необходим для клеточных процессов, таких как митоз, нейрогенез и проникновение вируса в клетки-хозяева.
Dynlt1 также регулирует длину первичных ресничек, влияя на критические клеточные сигнальные пути. Кроме того, он взаимодействует с онкогенными нуклеопоринами и вирусными белками, способствуя нарушению регуляции генов и лейкозной трансформации. Эти многогранные роли подчеркивают его значение, как в нормальной физиологии, так и в болезненных состояниях.

Dynlt1 взаимодействует с онкогенными нуклеопоринами, способствуя нарушению регуляции генов и лейкозной трансформации. Он также связывает вирусные белки, такие как мелкий капсидный белок PAPILLOMAVIRUS человека (HPV) L2, помогающий в доставке вирусной нуклеиновой кислоты в ядро хозяина.

С момента своего открытия Dynlt1 был связан с различными раковыми заболеваниями и биологическими процессами. Его экспрессия по типам тканей была изучена, выявляя низкую специфичность ткани, но заметную прогностическую ценность при определенных видах рака.

Исследование DYNLT1 - Роль при раке легких

В контексте рака легких DYNLT1 демонстрирует защитную роль при аденокарциноме легкого (ADC) и плоскоклеточном раке легкого (SQC).
Новые исследования показывают, что повышенная экспрессия DYNLT1 способствует клеточной пролиферации и миграции, что является важнейшими факторами метастазирования рака. Эти данные указывают на то, что DYNLT1 является потенциальной диагностической и терапевтической мишенью для рака легких.

Другие виды рака

DYNLT1 играет важную роль при нескольких основных типах рака и оказывает как защитное, так и негативное влияние на прогноз.

Рак молочной железы: усиливает метаболизм митохондрий за счет ингибирования убиквитинирования VDAC1, способствующего росту опухоли. Это также диагностический и прогностический маркер, связанный с метаболизмом липидов, который имеет решающее значение для прогрессирования рака.

Глиобластома: способствует онкогенезу за счет взаимодействия с сигнальными путями, что подтверждается иммуногистохимическими анализами тканей пациента.

Рак желудка: Экзосомальный miR-15b-3p усиливает онкогенез по пути DYNLT1/каспаза-3/каспаза-9, подчеркивая его роль в злокачественной трансформации.

Вывод

DYNLT1 играет ключевую роль в биологии рака, влияя на клеточный транспорт, сигнальные пути и онкогенез. Его участие в развитии рака легких — наряду с его более широкой ролью в других злокачественных новообразованиях — подчеркивает его потенциал в качестве мишени для диагностических и терапевтических разработок. По мере того, как мы углубляемся в изучение молекулярных особенностей рака легких, DYNLT1 становится перспективным кандидатом для будущих исследований.

Если у вас есть какие-либо вопросы или идеи по поводу этого обновления, не стесняйтесь поделиться ими в теме. Спасибо за поддержку наших исследований!
Команда MCM

https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us...s?articleId=822

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc
Ссылка на телеграмм https://t.me/TSCRussia

Прикреплённый файлmcm1_dynlt1_fig1.jpg (29,16 Кбайт, скачиваний: 21)
Прикреплённый файлmcm1_dynlt1_fig2.jpg (116,58 Кбайт, скачиваний: 21)
Прикреплённый файлmcm1_dynlt1_fig3.jpg (105,99 Кбайт, скачиваний: 18)
Прикреплённый файлmcm1_dynlt1_fig4.jpg (104,66 Кбайт, скачиваний: 21)

[Programma_Boinc]

Очередные открытия мега простых чисел, сделанные добровольцами с помощью домашних компьютеров.

3 марта 2025 года, в результате обобщенного поиска простых чисел Ферма в PrimeGrid был найден MegaPrime: 13427472 524288 +1

Простое число состоит из 3 737 122 цифр и войдет в “Самую большую из известных баз данных простых чисел”, заняв 15-е место по обобщенным простым числам Ферма и 94-е в целом.

Открытие было сделано Жан-Люком Гарамбуа (Jean-Luc Garambois) из Франции с использованием видеокарты NVIDIA GeForce RTX 4080 SUPER на 64-ядерном процессоре AMD Ryzen Threadripper 3990X с 256 ГБ оперативной памяти, работающей под управлением Linux Ubuntu 22.04.5 LTS.

Этому компьютеру потребовалось около 15 минут и 23 секунд, чтобы выполнить тест probable prime (PRP) с использованием приложения Genefer22. Жан-Люк является членом франкоязычной команды L'Alliance.
17 апреля 2025 года было подтверждено начало работы PRP на AMD Ryzen 9 7950X3D с частотой 4,20 ГГц и 128 ГБ оперативной памяти под управлением Debian 12.5.

Этому компьютеру потребовалось около 20 часов 35 минут, чтобы выполнить тест на первичность с использованием LLR. Для получения более подробной информации, пожалуйста, ознакомьтесь с официальным анонсом.

https://t5k.org/primes
https://www.primegrid.com/show_user.php?userid=54689
https://www.primegrid.com/team_display.php?teamid=37
https://www.primegrid.com/download/GFN-13427472_524288.pdf

8 апреля 2025 года, в 12:49:49 UTC, проект PrimeGrid по решению задачи Sierpiński/Riesel Base 5 устранил проблему k=67612, найдя мега простое число: 67612*5 5501582 +1

Простое число состоит из 3 845 446 цифр и войдет в “Самую большую из известных баз данных простых чисел”, занимая 92-е место в общем зачете. В задаче Серпинского Base 5 осталось 27 тысяч цифр.

Открытие было сделано Каем Преслером (Kai Presler) (Aperture_Science_Innovators) из Австралии с использованием 8 ядер AMD Ryzen 9 7945HX с 14 ГБ оперативной памяти под управлением Linux Mint 21.3.

Этому компьютеру потребовалось около 1 часа 24 минут, чтобы выполнить тест probably prime (PRP) с использованием приложения PRST.

Кай является членом команды [H]ard|OCP.

8 апреля 2025 года, в 20:19:10 по Гринвичу, было подтверждено начало работы PRP на AMD Ryzen 9 7950X3D с частотой 4,20 ГГц и 128 ГБ оперативной памяти под управлением Debian 12.5.

Этому компьютеру, использующему 4 ядра, потребовалось 3 часа и 44 минуты, чтобы пройти тест на простоту использования с использованием LR2. Более подробную информацию смотрите в официальном анонсе.

https://primes.utm.edu/primes/page.php?id=140585
https://t5k.org/primes
https://www.primegrid.com/show_user.php?userid=1654901
https://www.primegrid.com/team_display.php?teamid=1710
https://www.primegrid.com/download/SR5-67612.pdf

[Programma_Boinc]

16 апреля 2025 года, в 11:37:45 UTC, программа PrimeGrid Generalized Cullen/Woodall PrimeSearch обнаружила крупнейшее из известных обобщенных простых чисел Каллена:

4052186 * 69 4052186 +1

Обобщенные числа Каллена имеют вид: n* bn + 1. Обобщенные простые числа Каллена называются обобщенными простыми числами Каллена. Для получения дополнительной информации, пожалуйста, смотрите “Простое число Каллена” в глоссарии простых чисел.

Это простое число состоит из 7 451 366 цифр и входит в “Самую большую из известных баз данных простых чисел”, занимая 1-е место по обобщенным простым числам Каллена и 16-е в целом. Это второе по величине простое число, когда-либо найденное PrimeGrid.

Основание 69 было одним из 9 простых обобщенных оснований Каллена для b ≤121, которые ищет PrimeGrid. Остальные основания являются 13, 29, 47, 49, 55, 101, 109 & 121.

Открытие было сделано Марком Уильямсом из США с использованием 8 ядер 64-ядерного процессора AMD EPYC 9554 с 196 ГБ оперативной памяти под управлением Microsoft Windows 10 Professional x64 Edition. Этому компьютеру потребовалось около 10 часов 15 минут, чтобы выполнить тест probable prime (PRP) с использованием PRST. Марк является членом команды AnandTech.

17 апреля 2025 года было подтверждено начало работы PRP на AMD Ryzen 9 7950X3D с частотой 4,20 ГГц и 128 ГБ оперативной памяти под управлением Debian 12.5. Этому компьютеру, использующему 8 ядер, потребовалось 12 часов и 32 минуты, чтобы пройти тест на простоту использования с помощью PRST.

Более подробную информацию смотрите в официальном анонсе.
https://t5k.org/primes/page.php?id=140607
https://t5k.org/glossary/page.php?sort=Cullens
https://t5k.org/primes
https://www.primegrid.com/download/GC69-4052186.pdf

[Programma_Boinc]

Сегодня в области распределённых вычислений значимое событие.

Проект Amicable Numbers который ищет пары дружественных чисел до 10^21 выполнил свою работу на 50 процентов (https://sech.me/boinc/Amicable/server_status.php).

Завершение этого проекта ориентировочно будет в начале 2026 года.

Ну будем надеяться, что хоть когда-то в будущем людям начнёт приходить осознание и вразумление, что обычно компьютер загружает свои ресурсы при обычной работе на доли процента, и что можно установить BOINC, чтобы он незаметно в фоновом режиме проводил вычисления, и все науки, математика, астрономия будут продвигаться и развиваться быстрее.

[Programma_Boinc]

Результаты исследования от команды MCM (май 2025 г.)

Скрытый текст

Результаты исследования от команды MCM (май 2025 г.)

Опираясь на результаты наших предыдущих исследований, мы изучаем гены, которые имеют наивысшую оценку и ассоциируются с различными видами рака, в рамках проекта по картированию онкомаркеров (MCM).

В этом обновленном исследовании основное внимание уделяется PDE8B (фосфодиэстеразе 8B), гену, который участвует в синтезе гормонов и имеет измененную экспрессию при различных видах рака.

Проект: Картирование онкомаркеров

Опубликовано: 21 мая 2025 г.

Терминология

Прогностический маркер: биологический признак, связанный с клиническими исходами, такими как выживаемость или прогрессирование заболевания.

Вторичный посредник: небольшая молекула, которая вырабатывается в ответ на гормон или рецепторы на поверхности клетки. Вторичные посредники усиливают сигнал, активируя нижележащие белки, которые вызывают физиологическую реакцию.

мРНК: Промежуточный продукт, полученный из ДНК, который может быть подвергнут дальнейшей обработке для получения функциональных белков.

Значение p: число от 0 до 1, которое показывает, насколько вероятно, что результат был получен случайно; меньшее значение p (обычно ниже 0,05, обозначаемое как p < 0,05) предполагает, что результат, скорее всего, обусловлен реальным эффектом, а не случайным изменением.

Рисунок 1. Структура белка PDE8B (UniProt).

Фон

Проект MCM - это крупномасштабная инициатива, направленная на улучшение лечения рака и научных исследований с помощью данных. Сравнивая миллионы образцов тканей, как здоровых людей, так и больных раком, мы исследуем, что является движущей силой рака на самом фундаментальном уровне - генном.

Эта работа стала возможной благодаря щедрому вкладу волонтеров WCG, которые играют решающую роль в проведении анализов, помогающих нам идентифицировать эти генетические маркеры. По состоянию на 6 мая 2025 года волонтеры MCM получили более 2,6 миллиарда результатов, которые являются неотъемлемой частью общих целей по выявлению маркеров для раннего выявления рака и стратификации риска. Мы чрезвычайно благодарны за вашу постоянную поддержку!

В рамках проекта MCM мы выявили 26 генов, повышающих риск развития рака легких. В предыдущих статьях мы изучали другие гены, такие как DYNLT1 и GCM1, но в этом обновленном исследовании основное внимание уделяется PDE8B.
PDE8B - это ген, который вырабатывает белок под названием фосфодиэстераза (PDE), который помогает контролировать реакцию клеток на сигналы.

PDE работают путем расщепления небольших молекул внутри клетки, которые действуют как посредники, помогая клетке “понимать” внешние сигналы и реагировать на них изнутри. PDE8B отвечает за мониторинг уровней специфического типа мессенджера, называемого циклическим аденозинмонофосфатом (цАМФ).

цАМФ является важнейшим промежуточным звеном в клетке, активирующим процессы, связанные с ростом, метаболизмом и выработкой гормонов.

Регулируя уровень цАМФ, ФДЭ играют уравновешивающую роль в организме, предотвращая чрезмерную активацию сигналов, вызывающих воспаление или способствующих развитию рака. По сравнению с другими PDE, PDE8B очень хорошо воздействует на цАМФ, что делает его ключевым регулятором уровня цАМФ на клеточном уровне и в организме [PMID: 18514160].

PDE8B высоко экспрессируется в эндокринных органах, таких как щитовидная железа и яички (рис. 2), где он поддерживает сбалансированный уровень цАМФ, регулируя выработку различных гормонов.

Например, в щитовидной железе PDE8B помогает поддерживать соответствующие уровни тиреотропного гормона (ТТГ), трийодтиронина (Т3) и тироксина (Т4) [PMID: 18514160, PMID: 20373981]. Когда уровень PDE8B слишком низок, нарушается нормальный рост клеток и метаболизм, что может привести к развитию заболеваний щитовидной железы и рака [PMID: 18514160].

Изменения в уровнях PDE8B, как в генетических инструкциях (мРНК), так и в самом белке, были обнаружены при различных видах рака. Например, уровни мРНК PDE8B, как правило, выше в клетках рака щитовидной железы (рисунок 3).

Однако, несмотря на то, что изменения были обнаружены при различных видах рака, PDE8B был четко связан только с исходами у пациентов с раком легких. При раке легких PDE8B считается полезным прогностическим маркером: более высокие уровни PDE8B связаны с улучшением выживаемости (рис. 4).

Рисунок 2. Экспрессия PDE8B в различных тканях (Human Protein Atlas). PDE8B высоко экспрессируется в щитовидной железе и умеренно - в других тканях, таких как паращитовидная железа и яички.

Рисунок 3. Уровень мРНК PDE8B повышен при различных типах рака, но особенно повышен при раке щитовидной железы, что, вероятно, отражает ее роль в передаче сигналов ТТГ/Т3/Т4 (Атлас белков человека).

Рисунок 4. В частности, при аденокарциноме легкого высокая экспрессия PDE8B (розовая кривая) связана со значительно более высокой выживаемостью (p < 0,001), чем низкая экспрессия PDE8B (синяя кривая). PDE8B не был идентифицирован как прогностический маркер для других видов рака (Human Protein Atlas).

Исследование PDE8B

Роль PDE8B в развитии рака легких

Экспрессия PDE8B может быть связана с улучшением исходов при раке легких, но ее влияние зависит от подтипа рака легких. При одном из видов рака легких, называемом аденокарциномой (ADC), пациенты с высоким уровнем PDE8B имеют гораздо больше шансов на выживание (рис. 5А). Однако при другом типе плоскоклеточного рака (SQC) уровни PDE8B, по-видимому, не влияли на выживаемость (рис. 5B).

Рисунок 5. Кривая выживаемости Каплана-Мейера для аденокарциномы легкого 1 стадии (ADC) (A) и плоскоклеточного рака легкого (SQC) (B). Этот график описывает вероятность выживания (ось y) с течением времени (ось x). (А) Высокая экспрессия PDE8B (красная кривая) связана с большей вероятностью выживания по сравнению с низкой экспрессией PDE8B (черная кривая) при ADC в легких. В частности, высокая экспрессия ассоциируется со снижением риска на 65% (ОР = 0,35 (0,22 - 0,55), р = 1,3 ≈ 10-6). (B) Высокая экспрессия PDE8B не связана с большей вероятностью выживания по сравнению с низкой экспрессией PDE8B при SQC (ОР = 1,04 (0,72 - 1,51), p = 0,83)). Рисунки, сгенерированные с помощью KM Plotter.

В нескольких исследованиях изучалась роль PDE8B в развитии рака легких. Хотя некоторые анализы показывают, что более высокие уровни PDE8B могут быть связаны с более высокими шансами на выживание, его роль в развитии рака может быть более тонкой, чем считалось ранее. Недавнее экспериментальное исследование показало, что снижение уровня PDE8B может привести к тому, что распространенный химиотерапевтический препарат пеметрексед (PMX) в более низких дозах будет лучше воздействовать на клетки рака легких [PMID: 39001537]. Интересно, что блокирование PDE8B само по себе не замедляло рост рака, но при использовании PMX ингибирование PDE8B помогало химиотерапии работать более эффективно. Это говорит о том, что PDE8B может влиять на рак тонким образом, возможно, влияя сразу на несколько различных клеточных процессов.

Связь между высоким уровнем PDE8B и лучшей выживаемостью при раке легких может зависеть от того, курил ли человек в прошлом. Когда исследователи рассматривают выживаемость пациентов с ADC отдельно в зависимости от их статуса курильщика, преимущество в выживаемости от высокого уровня PDE8B наблюдается только у пациентов, которые курили ранее (рис. 6А).

Между тем, у пациентов, не курящих в анамнезе, польза снижается, но не является существенной (рис. 6Б). Эти различия могут быть связаны с тем, как сигаретный дым влияет на поведение клеток и сигнальные пути, связанные с раком, которые были выявлены в предыдущих исследованиях [PMID: 24179496, PMID: 31664853]. Необходимы дополнительные исследования, чтобы уточнить наше понимание PDE8B и прояснить взаимосвязь между экспрессией PDE8B, историей курения и исходами рака легких.

Рисунок 6. Кривая выживаемости Каплана-Мейера при аденокарциноме легкого 1-й стадии (ADC) у пациентов с курением в анамнезе (А) и у пациентов, которые никогда не курили (Б). (А) Высокая экспрессия PDE8B (красная кривая) связана с более высокой вероятностью выживания на 88% у пациентов с курением в анамнезе (ОР = 0,12 (0,04 - 0,36), р = 3,7 ≈ 10-6). (B) Высокая экспрессия PDE8B не связана со значительно большей вероятностью выживания у пациентов, не курящих в анамнезе (ОР = 0,56 (0,19 - 1,67), p = 0,29). Данные получены с помощью KM Plotter.

Вывод

PDE8B является главным регулятором в клетке, оказывая каскадное воздействие на рост, метаболизм и выработку гормонов посредством регулирования уровня цАМФ. Хотя его экспрессия варьируется в зависимости от типа рака, более высокие уровни связаны с выживаемостью при раке легких, особенно среди пациентов с курением в анамнезе. Эти данные свидетельствуют о том, что PDE8B может влиять на реакцию рака на лечение и что PDE8B может быть ценным маркером для будущей диагностики и разработки методов лечения. Поскольку мы продолжаем изучать молекулярные маркеры рака легких, PDE8B представляет собой еще одного многообещающего кандидата для будущих исследований, которые могут изменить нашу жизнь.

Если у вас есть какие-либо вопросы, комментарии или идеи, мы будем рады их услышать! Не стесняйтесь делиться своими мыслями на форуме проекта.

Спасибо вам за то, что вы являетесь ценным сторонником World Community Grid!

Команда MCM
https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc
Ссылка на телеграмм https://t.me/TSCRussia

Прикреплённый файлpde8_article_fig1.jpg (57,96 Кбайт, скачиваний: 14)
Прикреплённый файлpde8_article_fig2.jpg (82,13 Кбайт, скачиваний: 12)
Прикреплённый файлpde8_article_fig3.jpg (63,51 Кбайт, скачиваний: 12)
Прикреплённый файлpde8_article_fig4.jpg (40,8 Кбайт, скачиваний: 14)
Прикреплённый файлpde8_article_fig5.jpg (49,47 Кбайт, скачиваний: 12)
Прикреплённый файлpde8_article_fig6.jpg (48,94 Кбайт, скачиваний: 14)

[Programma_Boinc]

Скоро будет соревнование по отечественному проекту распределённых вычислений:
https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1129