Boinc - Распределенные вычисления на благо науки! , BOINC (англ. Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) — открытая программная платформа университета Беркли для грид-вычислений — некоммерческое межплатформенное ПО для организации распределённых вычислений.

[Programma_Boinc]

Обсуждаем эту программу здесь.

BOINC (англ. Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) — открытая программная платформа университета Беркли для грид-вычислений — некоммерческое межплатформенное ПО для организации распределённых вычислений. Используется для организации добровольных вычислений.

Описание
BOINC — программный комплекс для быстрой организации распределённых вычислений. Состоит из серверной и клиентской частей. Первоначально разрабатывался для крупнейшего проекта добровольных вычислений — SETI@home, но впоследствии разработчики из Калифорнийского университета в Беркли сделали платформу доступной для сторонних проектов. На сегодняшний день BOINC является универсальной платформой для проектов в области математики, молекулярной биологии, медицины, астрофизики и климатологии. BOINC даёт исследователям возможность задействовать огромные вычислительные мощности персональных компьютеров со всего мира.

BOINC разработан командой во главе с Дэвидом Андерсоном (David Pope Anderson), возглавляющим также SETI@home, из Space Sciences Laboratory Калифорнийского университета в Беркли. На 27 марта 2017 года BOINC представляет собой распределённую сеть из более чем 830 000 активных компьютеров (хостов) со средней производительностью всей сети более 20 петафлопс[4]. Для сравнения, самый мощный суперкомпьютер на март 2017 года «Sunway TaihuLight» имеет пиковую мощность 93 петафлопса. Пиковая мощность проекта BOINC зафиксирована на уровне 320 петафлопс, что более чем в три раза превосходит пиковую мощность самого мощного суперкомпьютера на Земле. Национальный научный фонд США в 2002 и 2005 годах отметил заслуги разработчиков, трижды награждая BOINC: SCI/0221529[5], SCI/0438443[6] и SCI/0721124[7].

Платформа работает на различных операционных системах, включая Microsoft Windows и варианты юниксоподобных GNU/Linux, CentOS/RHEL, FreeBSD, NetBSD, OpenBSD, Solaris, macOS, Android и Raspberry Pi OS. BOINC распространяется под лицензией GNU Lesser General Public License, как свободное программное обеспечение с открытым исходным кодом.

Серверная часть BOINC
Серверная часть состоит из HTTP-сервера с веб-сайтом проекта, базы данных MySQL и набора демонов (генератор заданий, планировщик, валидатор, ассимилятор результатов). Сервер — только на Linux, предпочтительно Debian[источник не указан 3777 дней].

HTTP сервер представляет собой набор PHP-скриптов и необходим организаторам проектов для общего управления проектом: регистрация участников, распределение заданий для обработки, получение результатов, управление базами данных проекта.

В базе данных хранятся пользователи, пароли, записи заданий, результатов, информация о хостах, программах проекта и прочее.

Демоны — набор программ на C++.

BOINC-клиент
Для пользователей понятие BOINC чаще используется в контексте понятия BOINC-клиент — универсальный клиент для работы с различными (BOINC-совместимыми) проектами распределённых вычислений.

BOINC-клиент позволяет участвовать одновременно в нескольких проектах с помощью одной общей программы управления (boinc или boinc.exe).

Для визуализации процесса управления BOINC-клиентом можно использовать либо поставляемую по умолчанию официальную программу-менеджер (boincmgr или boincmgr.exe), либо воспользоваться «неофициальной» программой для мониторинга и управления BOINC-клиентом.

Следует отметить, что собственно BOINC-клиент в академическом понимании не имеет пользовательского интерфейса как такового, а представляет собой сервис, запускаемый при запуске системы и управляется по протоколу TCP/IP. Однако для конечного пользователя это не имеет значения, поскольку дистрибутив программы комплектуется программой-менеджером, которая сразу по умолчанию устанавливается вместе с BOINC-клиентом как единое целое и абсолютно прозрачна для пользователя. В этом случае в качестве адреса управляемого программой менеджером BOINC-клиента указывается адрес «localhost». Таким образом, с одной стороны, ничто не мешает пользователю использовать альтернативную программу-менеджер для управления BOINC-клиентом, а с другой стороны даёт возможность управлять несколькими BOINC-клиентами, находящимися на разных компьютерах из одной программы-менеджера. Также такая организация управления BOINC-клиентом подразумевает возможность использовать BOINC-клиент в «невидимом» режиме, когда запускается исключительно сервис, без пользовательского интерфейса вообще.

Настройки
В более ранних версиях клиента отсутствуют локальные настройки программы. Почти всю конфигурацию (например, время работы, время соединения, максимальную загрузку и т. п.) участник указывает на сайте конкретного проекта (для каждого проекта по отдельности), а оболочка (клиент) самостоятельно подгружает конфигурацию вместе с заданиями по мере необходимости. Однако в последних версиях это можно настроить через интерфейс самого клиента.

Организация проектов
Создать проект на платформе BOINC может любой желающий — вся платформа BOINC изначально разрабатывалась в рамках LGPL, поэтому любой может ознакомиться с исходными текстами.

В основном этим занимаются различные университеты и научные центры для решения задач, требующих больших вычислительных ресурсов, но не имеющих необходимых материальных средств для покупки суперкомпьютеров, либо мощностей современных суперкомпьютеров недостаточно для решения поставленной задачи.

10 наиболее популярных проектов[8]

Einstein@Home — проверка гипотезы Альберта Эйнштейна о гравитационных волнах, а также поиск радио- и гамма-пульсаров.
World Community Grid — помощь в поиске лекарств для лечения человеческих заболеваний, таких как рак, ВИЧ/СПИД, расчёт структуры белков и другие проекты. Организатор — IBM.
WUProp@home — не тратящий ресурсы проект для сбора различной статистики по всем другим проектам. Полезен тем, что позволяет на основе собранных данных подобрать проект наиболее эффективно использующий ресурсы самых разных вычислительных устройств.
Rosetta@home — вычисление 3-мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей.
MilkyWay@home — создания высокоточной трёхмерной динамической модели звёздных потоков в нашей Галактике — Млечный Путь.
Universe@home
yoyo@home
PrimeGrid — поиск различных больших простых чисел.
Collatz Conjecture[9] — проект, обрабатывающий одну из нерешённых проблем математики — проблему Коллатца. Суть её в том, что если взять любое число, если оно чётное, разделить на 2, иначе умножить на 3 и прибавить 1 (поэтому её ещё называют проблемой «3х+1»), и повторить эти шаги некоторое число раз, то в конце мы неизбежно получим единицу.
Cosmology@home

Прочие проекты

CAS@Home (Chinese Academy of Sciences)[10] — проект с целью поддержки Китайских учёных в развитии технологий добровольного метакомпьютинга. Проект запущен при поддержке Вычислительного центра Института физики высоких энергий (англ. Computer Centre of the Institute of High Energy Physics, IHEP) и Китайской академии наук (англ. Chinese Academy of Sciences, CAS). Проект официально начал работу в январе 2010 года. В настоящее время проект включается в себя два приложения: Short-Cut Threading — предсказание пространственной структуры белка; моделирование столкновений элементарных частиц на ускорителе BEPC (Пекинский электрон-позитронный коллайдер, англ. Beijing Electron Positron Collider), в настоящее время приложение находится в разработке.

Climate Prediction — изучение и предсказание климата Земли.
eOn — моделирование «медленного» движения молекул для химии и физики.
FreeHAL@home[11] — немецкий проект, направленный на создание искусственного интеллекта, способного пройти тест Тьюринга. FreeHAL@home основан на технологии конвертирования открытых лингвистических баз знаний[12] в семантические сети для обучения системы FreeHAL общению с человеком без предварительного заготавливания ответов программистом.
GPUGrid[13] — проект, организованный университетом Помпеу Фабра. Проект занимается полно-атомным моделированием молекулярной биологии с использованием Cell-процессоров используемых в PlayStation 3 и в CUDA-совместимых GPU от Nvidia.
Leiden Classical — проект в области физики.
LHC@home — обработка данных, полученных с большого адронного коллайдера, и расчёты д
Malaria Control Project — контроль распространения Малярии в Африке (AFRICA@home (недоступная ссылка)).
MLC@Home - проект, посвящённый пониманию и интерпретации сложных моделей машинного обучения с акцентом на нейронные сети.
Radioactive@Home — Обнаружение радиоактивного фона окружающей среды
RNA World[14]. Целью проекта, запущенного в январе 2010 года, является систематизация РНК всех живых организмов.
SIMAP@home — создание базы данных белков для вычислительной биологии.
SLinCA@Home — проект распределённых вычислений в области физики и материаловедения, запущенный при поддержке Академии наук Украины.
Spinhenge@home — проект в области нанотехнологий по исследованию молекулярного магнетизма.
sudoku@vtaiwan[15] — проект по исследованию игры-головоломки судоку. Занимается поиском судоку с 16-ю ключами, которая имела бы единственное решение.
QMC@Home — расчёты с использованием метода Монте-Карло в квантовой химии.
Quake-Catcher Network — Обнаружение распространения сейсмических волн

Сообщение отредактировано: Programma_Boinc - 30.04.23, 10:57

[Programma_Boinc]

Вышла версия клиента 7.22

Новая версия клиента BOINC доступна для Windows, Mac и Android. Загрузите его здесь. Примечания к выпуску здесь. Спасибо разработчикам-добровольцам и тестировщикам BOINC.

https://boinc.berkeley.edu/wiki/Release_Notes
[URL=https://boinc.berkeley.edu/download_all.php]https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
[/url]
Примечания к выпуску для клиента BOINC:

Изменения в 7.22.2
Windows/Linux/MacOS
Добавлено предполагаемое время, оставшееся для передачи файлов
Добавлено предполагаемую дату завершения и столбцы завершения до крайнего срока на вкладку «Задачи».
Добавлено столбец «Предполагаемое завершение» в расширенный вид > «Задачи»
Добавлено неиспользуемые вычислительные настройки

boinc_cmd: добавлено команду --get_task_summary.
Windows: добавлено параметр cc_config.xml <no_rdp_check>.
Не менять CPID пользователя при отсоединении от самого старого проекта

[Programma_Boinc]

Команда MCM продолжает изучать биомаркеры рака легких

Скрытый текст

Команда MCM продолжает изучать биомаркеры рака легких
Мы продолжаем работу по характеристике биомаркеров рака легких, выявленных в проекте MCM1.

Это обновление посвящено GSDMB, гену, связанному с выживаемостью при раке легких и дифференциально экспрессируемому в различных типах рака по сравнению с нормальными тканями.

Проект: Картирование маркеров рака

Опубликовано: 12 июля 2023 г.

Фон

Распознавание закономерностей у онкологических больных может иметь много преимуществ, например, позволяя обнаруживать признаки рака у других пациентов и персонализировать лечение каждого пациента в соответствии с его конкретным онкологическим профилем.

С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 820 800 лет процессорного времени, помогая анализировать данные исследований рака и саркомы с невероятной скоростью.
Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают жертвовать на этот проект и помогают нам ускорить поиск лучших биомаркеров. Мы продолжаем анализ наиболее распространенных биомаркеров среди больных раком легкого. После обсуждения генов VAMP1 и FARP1, которые были описаны в наших обновлениях за март и апрель, здесь мы сосредоточимся на GSDMB.

Исследования GSDMB

Гасдермин B (GSDMB) представляет собой белок семейства GSDM, который имеет сходную структуру и обычно играет роль в клеточной пролиферации и дифференцировке [1]. Семейство GSDM известно своей ролью в запуске пироптоза, сильно воспалительного типа гибели клеток, которого они достигают путем образования пор в клеточных мембранах [1].
Также было установлено, что GSDMB регулирует рост эпителиальных клеток независимо от его роли в пироптозе (Uniprot). GSDMB считается уникальным среди других членов своего семейства, и его роль в различных типах заболеваний и рака относительно мало изучена.

Было показано, что генетические варианты в GSDMB связаны с повышенной восприимчивостью к таким заболеваниям, как астма и воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) [2]. Подобно генам VAMP1 и FARP1, мы исследовали роль GSDMB при раке легкого и обнаружили, что его присутствие играет защитную роль при раке легкого, как показано на рисунке 1 (данные KMplotter).

Рисунок 1. Кривые выживания для пациентов с высокой и низкой экспрессией GSDMB.

Расширяя наши наблюдения за пределами рака легких, поскольку это является целью нашего проекта WCG, мы обнаруживаем, что GSDMB ведет себя аналогичным образом в большинстве протестированных видов рака, как видно на рисунке 2. Это предполагает, что GSDMB играет важную роль в канцерогенезе. и может играть роль в признаках рака. Это было подтверждено в литературе, где была обнаружена связь между уровнями экспрессии GSDMB и раковыми заболеваниями, такими как рак желудка, рак молочной железы [3] и рак мочевого пузыря [4].

Рисунок 2. Экспрессия GSDMB в нормальных и раковых тканях при множественных типах рака.
Используя Атлас белков человека (HPA), мы также определили сильное прогностическое значение белка GSDMB, как показано на рисунке 3.

Рисунок 3. Прогностическое значение белка GSDMB при раке почки (неблагоприятное), уротелиальном раке и раке шейки матки (благоприятное).
Изучая экспрессию GSDMB с помощью портала GTEx (GTEx), мы определяем, какие клетки в легких ее экспрессируют, как показано на рисунке 4.

Рисунок 4. Данные по отдельным клеткам с портала GTEx показывают сильную экспрессию как в эпителиальных, так и в иммунных клетках.
Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за вашу постоянную поддержку.
Команда WCG

Использованная литература:

Li L, Li Y, Bai Y. Роль GSDMB в пироптозе и раке. Рак Манаг Рез. 2020 30 апр;12:3033-3043. DOI: 10.2147/CMAR.S246948. PMID: 32431546; PMCID: PMC7201009. Рана Н.,
Привитера Г., Кондольф Х.К., Булек К., Лечуга С., Де Сальво К., Корридони Д.,
Антанавичюте А., Майвальд Р.Л., Уртадо А.М., Чжао Дж., Хуан Э.Х., Ли Х, Чан Э.Р.,
Симмонс А., Бамиас Г., Эбботт Д.У., Хини Дж.Д., Иванов А.И., Писарро Т.Т. GSDMB повышается при ВЗК и регулирует восстановление/восстановление эпителия независимо от пироптоза.
Клетка. 2022 20 января;185(2):283-298.e17. doi: 10.1016/j.cell.2021.12.024. Epub 2022, 11 января. PMID: 35021065; PMCID: PMC8879997. Xia X, Wang X, Cheng Z, Qin W, Lei L, Jiang J, Hu J. Роль пироптоза в раке: про-рак или про-«хозяин»? Гибель клеток и болезни.
2019;10(9). дои: 10.1038/s41419-019-1883-8. PMID: 31501419; PMCID: PMC6733901. He H, Yi L, Zhang B, Yan B, Xiao M, Ren J, Zi D, Zhu L, Zhong Z, Zhao X, Jin X, Xiong W. Комплекс USP24-GSDMB способствует пролиферации рака мочевого пузыря посредством активации пути STAT3 . Int J Biol Sci. 2021 11 июня; 17 (10): 2417-2429. doi: 10.7150/ijbs.54442. PMID: 34326684; PMCID: PMC8315027.

https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do
http://kmplot.com/
https://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,45426

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

Прикреплённый файлpasted_image_0__1_.png (75,36 Кбайт, скачиваний: 17)
Прикреплённый файлpasted_image_0__2_.png (44,38 Кбайт, скачиваний: 17)
Прикреплённый файлpasted_image_0__3_.png (31,46 Кбайт, скачиваний: 17)
Прикреплённый файлpasted_image_0.png (43,71 Кбайт, скачиваний: 17)

[Programma_Boinc]

Запускаем BOINC на разном... и смотрим что вышло

Скрытый текст

Запускаем BOINC на разном... и смотрим что вышло

Всем привет. Имеется у меня в наличии кое-какое железо: одноплатники, медиаплееры, компы, роутеры. Что-то из этого используется в быту, а что-то просто валяется без дела.

И решил я проверить соотношение производительности/энергопотребления на "бездельничающих" девайсах. А потом мне стало интересно в сравнении с другими и я подключил к BOINC и остальные имеющиеся у меня устройства.
Я не претендую на какую-либо ценность всего нижеизложенного и на точность измерений тоже, но может кому-то эти "данные" покажутся интересными также, как и мне.

Замеры энергопотребления проводились китайским usb-power-meter'ом (им измерялись телефоны-планшеты) и китайским же счетчиком-розеткой (всё остальное). Соответсвенно у ZTE Voyage5, Ulefone POWER ARMOR 14 PRO и Galaxy Tab A7 КПД и потери блока питания НЕ учитываются, а у всего остального - учитываются. Так что погрешность будет как из-за качества самих "измерялок", так и из-за разных способов измерения.

В итоге собрался такой "зоопарк":

Raspberry Pi Model B
Raspberry Pi 2V1.1
Orange Pi Zero V1.1
Orange Pi Zero Plus
Cubieboard3 (Cubiertuck)
TVBOX H96MAX
TVBOX MXQPro 5G 4K
Завалявшийся в сарае ПК
Основной домашний ПК
Intel СomputeStick STCK1A32WFC
ZTE Voyage5(ZTE A0622)
Ulefone POWER ARMOR 14 PRO
Galaxy Tab A7
Роутер NETGEAR R7000

По мере того, как я подключал всё-новые и новые узлы к BOINC - стало понятно, что разные устройства на разных архитектурах процессора с разным количеством памяти и разными операционками будут получать разные виды заданий. Поэтому чтобы иметь хоть какой-то общий показатель производительности я подключил весь этот "зоопарк" к пулу для майнинга Gridcoin - grc.arikado.ru.

Общими показателями в этом случае будет "Магнитуда" (что бы она не значила) и "GRC в день".

В качестве BOINC-менеджера я использовал BOINC View, так как в нем удобно просматривать результаты большого количества клиентов. Ниже будет множество скриншотов из него.

На всё, что не имело собственного охлаждения (или как СomputeStick - имело слабенькое) - охлаждение добавлялось по принципу "я его слепила из того что было". В ход шли любые имеющиеся под рукой вентиляторы.
Все устройства подключались к проектам Einstein, Universe, Asteroids и SiDock.

Теперь немного про режимы и особенности работы отдельных устройств:

*Ulefone POWER ARMOR 14 PRO и Galaxy Tab A7 - повседневно используемые мной телефон и планшет - поэтому в РВ они учавствуют не более 70% от всего времени. Без зарядки у них садятся аккамуляторы и они греются.

*Raspberry Pi Model B - успешно подключалась ко всем проектам, но все задания завершались сразу же ошибкой.

* Все ARM-устройства не получали заданий от Sidock@Home, и только OrangePi Zero получила от этого проекта сообщение о недостаточном количестве ОЗУ.

* Роутер Netgear успешно был подключен ко всем проектам, но ни от одного не получил никаких заданий (один из проектов — не помню какой — прислал сообщение о неподдерживаемой архитектуре процессора).

* OrangePi Zero Plus H5 вроде бы вначале заработала, но потом «сдохла». Думаю, что проблема с самой железкой — надо бы прогреть проц или, лучше, - сделать реболинг. Так что с этой «апельсинкой» вопрос оставляю открытым.

Так выглядит основная таблица с характеристиками устройств, их энергопотреблением и результатами на пуле:
Дальше скриншоты работающей "фермы" и результаты работы по хостам.

Тест неплохой получился. Для SiDock@home в данный момент приходится делать дополнительный действия, плюс есть требования по версии glibc. У текущей мишени, правда, даже маленькие задания, специально нарезанные для ARM-ов, получаются довольно долгими.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

Фото здесь https://pikabu.ru/story/zapuskaem_boinc_na_...yishlo_10508867

[Programma_Boinc]

Молекулярный автомат

Скрытый текст

Молекулярный автомат

Подумал-подумал и решил, что первоначальную заметку (к тому же, написанную "для тех, кто уже участвует"), стоило бы дополнить.

Итак, в чём суть проблемы? Любой вирус - это молекулярный автомат. Это программа, воплощённая в нескольких слоях молекул образующих оболочку и начинку из РНК или ДНК.
Например - как у упоминаемого вируса Зика. Если вокруг холодно - это просто крупинка вещества. Но при подходящей температуре при столкновении с клеткой, молекулы белков его оболочки вступают в химическую реакцию с белками клеточной мембраны, "разрезают" её, внутрь клетки попадает РНК или ДНК вируса и запускается её реплицирование механизмами, существующими в клетке. Заразив клетку, вирус превращает её в "молекулярный 3D-принтер" создающий новые копии вируса, которые, в итоге, выходят из разрушенной клетки, продолжая заражение.

Как с этим бороться? Нужно найти вещество, которое бы либо разрушало вирус, либо как-то осложняло работу его механизмов, чтобы иммунная система уже сама его окончательно бы уничтожила. При этом, это вещество не должно уничтожать все остальные живые клетки в округе, убивая организм, который надо вылечить.

Где такие вещества искать? Используя таблицу Менделеева и известные законы природы, можно создать много, очень много различных химических соединений. В зависимости от требований, уже после некоторого "просеивания" их можно получить как просто "много" - например 10^20 (десять в двадцатой степени), так и в числе, сама запись которого будет для нас непривычна - 10^60, 10^90 и т.д. Существуют и специально составленные базы с соединениями, "перспективность" которых лучше, чем какого-то совсем уж случайно сгенерированного наугад.

Используя законы Физики и Химии можно смоделировать взаимодействие молекул проверяемого соединения с молекулами мембраны вируса и понять - может ли оно его уничтожить или нейтрализовать.

А самое замечательное в том, что для подобного моделирования не требуется больших вычислительных мощностей. Оно может быть выполнено в виде отдельной задачи, работающей на одном ядре более-менее современного компьютера в течение нескольких часов.
А поскольку процессоры подавляющего большинства домашних компьютеров, ноутбуков, планшетов и смартфонов, на самом деле, от 90 до 99% времени не делают ничего (можете проверить, запустив диспетчер задач), то даже запуская такую задачу в фоновом режиме и с самым низким приоритетом (чтобы она никак не мешала любым другим задачам в части задействования процессора) – можно получить огромные вычислительные мощности для проверки большого числа таких соединений. Если в этом деле будет участвовать какое-то большое число людей, которым наука интересна на самом деле.

И, (как легко понять из исходной новости) – конечно участвуют. И в разных проектах. Открывают радиопульсары, интересные математические конструкции, ищут лекарства, моделируют Вселенную, прочёсывают данные LIGO (да, тех самых гравитационно-волновых обсерваторий которые и поймали впервые гравитационные волны, принеся Кипу Торну Нобелевскую премию) в поиске гравитационные волн уже от не сливающихся, а от одиночных объектов, моделируют климат… и много чего ещё!

А иногда – с некоторой грустью и удовлетворением от выполненной работы (пусть она делается компьютером и в фоновом режиме) – провожают завершившиеся проекты. Да, вычисления идут сами – их надо только запустить и, участие в проекте – это не строительство Симплонского туннеля. Но что-то общее – есть. Пожалуй – масштаб!

P.S. Вы дочитали до конца? И вам действительно интересна наука? Тогда, возможно – вы такой же как и мы! Запускайте вычисления – [https://vk.com/page-34590225_52622420 ], присоединяйтесь к группе нашей команды - [https://vk.com/crystal_dream_team ], задавайте вопросы в группе и заходите на форум BOINC.Ru – [https://boinc.ru/forum/ ]!

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

Прикреплённый файл20221028_1_1.jpg (91,75 Кбайт, скачиваний: 15)

[Programma_Boinc]

Обновление исследования биомаркеров рака легких от команды MCM (ноябрь 2023 г.)

Скрытый текст

Обновление исследования биомаркеров рака легких от команды MCM (ноябрь 2023 г.)

Мы продолжаем работу по характеристике биомаркеров рака легких, выявленных в рамках проекта MCM1. В этом обновлении основное внимание уделяется гену IL13RA1, связанному с выживаемостью при раке легких и дифференциально экспрессируемому при нескольких типах рака по сравнению с нормальными тканями.
https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do

Проект: Картирование маркеров рака

Опубликовано: 27 ноября 2023 г.

Фон

Распознавание закономерностей у онкологических больных может быть полезным, поскольку позволяет нам выявлять признаки рака у других пациентов или персонализировать лечение различных пациентов в соответствии с их генетическим профилем.

Проект Mapping Cancer Markers анализирует базы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком и саркомой, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогностические признаки.
С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали на проект более 867 200 лет процессорного времени, помогая анализировать данные исследований о различных типах рака значительно быстрее и более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают делать пожертвования на этот проект.

Мы продолжаем работу над общими биомаркерами рака легких. VAMP1, FARP1, GSDMB и ADH6 обсуждались в наших обновлениях за март, апрель, июль и сентябрь. Здесь мы излагаем информацию о IL13RA1.
Исследования IL13RA1
https://www.uniprot.org/uniprotkb/P78552/entry#function

IL13RA1, часть семейства рецепторов интерлейкина, кодирует субъединицу альфа-1 рецептора интерлейкина-13, которая вместе с IL4RA образует функциональный рецептор интерлейкина-13 (IL13) (Uniprot). Интерлейкины представляют собой тип цитокинов, которые экспрессируются различными клетками организма и играют важную роль в активации и дифференцировке иммунных клеток, а также в пролиферации, созревании, миграции и адгезии. Следовательно, будучи субъединицей рецептора IL13, IL13RA1 позволяет IL13 оказывать эти эффекты.

Учитывая его участие в иммунной функции, неудивительно, что была выявлена возможная связь между IL13RA1 и несколькими заболеваниями, включая ишемическую болезнь сердца[1], болезнь Паркинсона[2], язвенный колит[3], астму и другие аллергические заболевания[ 4,5,6]. IL13RA1 также был идентифицирован как синаптический белок, который участвует в пластичности и нейропротекции после травмы [7].

Как и другие представленные нами гены, мы исследовали роль IL13RA1 при раке легких и обнаружили, что он играет защитную роль, как показано на рисунке 1.

Рисунок 1. Кривые выживаемости пациентов с высокой и низкой экспрессией IL13RA1 (KMplotter).
https://kmplot.com/analysis/

Мы также исследовали, распространяется ли это открытие на другие виды рака. Как показано на рисунке 2, аналогичные тенденции в экспрессии IL13RA1 наблюдаются при большинстве протестированных видов рака. В соответствии с этим наблюдением в литературе были документированы ассоциации между экспрессией IL13RA1 и раком поджелудочной железы[8], раком щитовидной железы[9], раком мочевого пузыря[10], раком молочной железы[11] и раком головного мозга[12].

Рисунок 2. Экспрессия IL13RA1 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью (TNMplot).
Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить. Спасибо за вашу постоянную поддержку.

https://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,45880
Рекомендации

Фэн X, Чжан Ю, Ду М, Ли С, Дин Дж, Ван Дж, Ван Ю, Лю П. Идентификация диагностических биомаркеров и терапевтических мишеней в периферическом иммунном ландшафте при ишемической болезни сердца. Джей Трансл Мед. 5 сентября 2022 г.; 20 (1): 399. дои: 10.1186/s12967-022-03614-1. PMID: 36064568; PMCID: PMC9444127.
Агирре К.А., Кончетта Морале М., Пэн К., Санчес-Алавес М., Синтрон-Колон Р., Фенг К., Фазелпур С., Махер П., Конти Б. Два однонуклеотидных полиморфизма в IL13 и IL13RA1 у лиц с идиопатической болезнью Паркинсона повышают восприимчивость клеток к окислительный стресс. Мозговой иммунитет. 2020 август;88:920-924. doi: 10.1016/j.bbi.2020.04.007. Epub, 7 апреля 2020 г. PMID: 32276028; PMCID: PMC9012133.
Гвигнер М., Мартинес-Нунес Р.Т., Уайток С.Р., Бонданезе В.П., Кларидж А., Коллинз Дж.Э., Каммингс Дж.Р.Ф., Санчес-Эльснер Т. МикроРНК-31 и микроРНК-155 сверхэкспрессируются при язвенном колите и регулируют передачу сигналов IL-13 путем нацеливания на интерлейкин 13 Рецептор α-1. Гены (Базель). 13 февраля 2018 г.;9(2):85. doi: 10.3390/genes9020085. PMID: 29438285; PMCID: PMC5852581.
Константинидис А.К., Бартон С.Дж., Сэйерс И., Ян И.А., Лордан Дж.Л., Рорк С., Клаф Дж.Б., Холгейт С.Т., Холлоуэй Дж.В. Исследования генетической ассоциации полиморфизмов гена субъединицы альфа1 рецептора интерлейкина-13 при астме и атопии. Eur Respir J. Июль 2007 г.;30(1):40-7. дои: 10.1183/09031936.00025706. Epub, 28 марта 2007 г. PMID: 17392323.
Фуруэ М., Улзи Д., Накахара Т., Цудзи Г., Фуруэ К., Хасимото-Хатия А., Кидо-Накахара М. Влияние IL-13Rα2 на атопическое воспаление кожи. Аллергол Инт. Июль 2020 г.;69(3):412-416. doi: 10.1016/j.alit.2020.01.005. Epub, 6 февраля 2020 г. PMID: 32037147.
Маккензи С.И., Варезе Н., Ауи П.М., Рейнвальд С., Уайнс Б.Д., Хогарт П.М., Тьен Ф., Хью М., Ролланд Дж.М., О'Хехир Р.Э., ван Зельм М.К. Секвенирование РНК одиночных аллерген-специфичных В-клеток памяти после иммунотерапии пыльцой трав: две уникальные судьбы клеток и CD29 как биомаркер эффекта лечения. Аллергия. Март 2023 г.;78(3):822-835. дои: 10.1111/all.15529. Epub, 1 октября 2022 г. PMID: 36153670.
Ли С, Олде Хеувел Ф, Рехман Р, Аусджи О, Фрелих А, Ли З, Джарк Р, Чжан В, Конквест А, Вулфле С, Шон М, О Меара CC, Рейнхардт РЛ, Фёрингер Д, Кассубек Дж, Людольф А, Хубер-Ланг М., Нёлль Б., Морганти-Коссманн М.К., Брокманн М.М., Бокерс Т., Розелли Ф. Интерлейкин-13 и его рецептор представляют собой синаптические белки, участвующие в пластичности и нейропротекции. Нац Коммун. 2023, 13 января;14(1):200. дои: 10.1038/s41467-023-35806-8. PMID: 36639371; PMCID: PMC9839781.
Ши Дж, Шен X, Кан Q, Ян X, Дензингер М, Корнманн М, Трауб Б. Потеря интерлейкина-13-рецептора-альфа-1 вызывает апоптоз и способствует ЕМТ при раке поджелудочной железы. Int J Mol Sci. 26 марта 2022 г.; 23 (7): 3659. doi: 10.3390/ijms23073659. PMID: 35409019; PMCID: PMC8998778.
Ван Б., Шен В., Ян Л., Ли X, Чжан Л., Чжао С., Цзинь X. Выявить потенциальный молекулярный механизм циркРНК, регулирующий мРНК, связанную с иммунитетом, через микроРНК губки в возникновении и иммунной регуляции папиллярного рака щитовидной железы. Энн Мед. 2023;55(2):2244515. дои: 10.1080/07853890.2023.2244515. PMID: 37603701; PMCID: PMC1044398.
Fang ZQ, Zang WD, Chen R, Ye BW, Wang XW, Yi SH, Chen W, He F, Ye G. Профиль экспрессии генов и пути обогащения на разных стадиях рака мочевого пузыря. Генет Мол Рез. 6 мая 2013 г.; 12 (2): 1479-89. doi: 10.4238/2013.Май.6.1. PMID: 23765955.
He M, Hu C, Deng J, Ji H, Tian W. Идентификация новой характеристики, связанной с гликолизом, для прогнозирования прогноза пациентов с раком молочной железы. World J Surg Oncol. 2 октября 2021 г.; 19 (1): 294. doi: 10.1186/s12957-021-02409-w. PMID: 34600547; PMCID: PMC8487479.
Морено Д.А., да Силва Л.С., Гомеш И., Леал Л.Ф., Берардинелли Г.Н., Гонсалвес ГМ, Перейра К.А., Сантана IVВ, Мацусита М.М., Бхат К., Лоулер С., Рейс Р.М. Иммунное профилирование рака раскрывает биомаркеры, иммунологические пути и оценку типов клеток, связанных с выживаемостью пациентов с глиобластомой. Тер Адв Мед Онкол. 21 декабря 2022 г.; 14: 17588359221127678. дои: 10.1177/17588359221127678. PMID: 36579028; PMCID: PMC9791289.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

[Majestio]

Programma_Boinc, привет!

Можешь хотя бы очень приблизительно дать распределение участников вашей программы по странам?

[Programma_Boinc]

Цитата Majestio @ 05.12.23, 15:30

Programma_Boinc, привет!

Можешь хотя бы очень приблизительно дать распределение участников вашей программы по странам?

Только на 2011 год, более свежие данные надо искать в сети, а мне сейчас некогда...

На первый взгляд такое отставание от участников из США, Германии, Великобритании
представляется естественным. Вместе с тем оно вызывает некоторое удивление, поскольку из-
вестно, что еще в сентябре 2011 года Россия вышла на первое место в Европе по числу уникаль-
ных пользователей, обогнав Германию [Тищенко, Жукова, Попков, 2014]. Еще более интересно,
что Россия отстает по очкам в полтора раза от Польши, Франции, Австралии и Чехии. Представ-
ляется, что этот показатель, с одной стороны, свидетельствует об атмосфере закрытости и инди-
видуализма, царящей в среде российских интернет-пользователей, недостаточном распростране-
нии идей гражданской науки и краудсорсинга, а с другой, характеризует недостаточность распро-
страненности концепции распределенных вычислений и, соответственно, добровольных
распределенных вычислений в России. Еще более низкий показатель у России — так называемый
показатель количества очков «на душу населения». По этому показателю Россия занимает одно
из последних мест в общем рейтинге из-за низкой активности участников ДРВ.

Естественно, что существуют проекты, в которых российские участники внесли более
40 % очков. Это непосредственно российские проекты SAT@home и Gerasim@home. Проект
SAT@home был запущен 29 сентября 2011 года двумя российскими институтами — ИДСТУ
СО РАН (Иркутск) и ИСА РАН (Москва). Проект Gerasim@home стартовал в 2008 году. Сейчас
в нем принимают участие 450 пользователей из России.
В то же время если же проанализировать данные за «последний месяц», то мы обнаружим,
что акцент участия и, соответственно, предоставления вычислительных мощностей сделан не
на российские проекты.
Прикреплённый файл_________________05_12_2023_204137.jpg (73,87 Кбайт, скачиваний: 17)

[Programma_Boinc]

Обновление исследования Детского Рака от команды SCC (октябрь 2023 г.)

Скрытый текст

Обновление исследования Детского Рака от команды SCC (октябрь 2023 г.)

Команда Smash Childhood Cancer (SCC) поделилась обновленной информацией, продолжая проверять результаты.
Проект: Победить детский рак

Опубликовано: 30 октября 2023 г.

Фон

Проект Smash Childdhood Cancer (SCC) направлен на поиск лучших лекарств, воздействующих на ключевые молекулы, вызывающие рак у детей. Добровольцы World Community Grid по всему миру вложили в этот проект более 57 тысяч процессоро-лет. Благодаря их помощи команде удалось разработать лекарства от нескольких типов рака, таких как нейробластома (рак нервных тканей), гепатобластома (рак печени), остеосаркома (рак кости) и, совсем недавно, саркома Юинга.

Новости исследований SCC

Доктор Шефали Чаухан из cc-TDI продолжает проверять три новых соединения из исследований по моделированию CREB1, которые обладают перекрестной специфичностью к FLI1, структурированной половине белка EWSR1::FLI1 при саркоме Юинга.

Никита Розанов из cc-TDI и доктор Тюдзи Хосино из Университета Тиба обрабатывают результаты по Брахиурии (хордома), FLI1 (саркома Юинга), KLF15 (миоэпителиальная карцинома) и MyoD1 (склерозирующая и веретеноклеточная рабдомиосаркома), которые доктор Чаухан и его коллеги затем подтвердит.

Доктор Чарльз Келлер недавно представил дополнительную работу над PAX3/7::FOXO1, которая в настоящее время финансируется НИЗ, в качестве предварительных данных для проекта Cancer Research UK - NCI Grand Challenge стоимостью 25 миллионов долларов в сотрудничестве с Nurix Therapeutics и сетью академических сотрудников.
Благодарим команду SCC за то, что поделились с нами этим обновлением. В настоящее время рабочие подразделения SCC не будут доступны, поскольку команда сосредоточена на проверках предыдущего запуска. Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить.
Команда WCG

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

[img]https://sun9-60.userapi.com/impg/foxyRekPbaATZ0NruQ1rB7_n7DrTOQZ0eWV43g/r-6AqMpOar4.jpg?size=171x295&quality=95&sign=8761c636a633407da6f260587d58b427&type=album[/img] Прикреплённый файлimages.jpg (5,17 Кбайт, скачиваний: 10)

[Programma_Boinc]

Мы с гордостью сообщаем о нашем новом наборе оптимизированных приложений, которые будут использовать механизмы с поддержкой набора инструкций AVX512 или, точнее, те, которые поддерживают инструкции AVX512dq!

Эти приложения созданы для поддержки ОС Linux и Windows с 64-битной архитектурой. Разработка этой версии стала возможной благодаря огромной помощи команды Ахорека!
https://asteroidsathome.net/boinc/show_user.php?userid=3496
К сожалению, оказывается, что клиентские приложения BOINC для Windows по-прежнему не сообщают серверу все параметры процессора правильно. Это из-за известной ошибки, и даже после множества обсуждений на каналах BOINC она все еще существует. Хорошей новостью является то, что благодаря команде Ахорека исправление уже было принято и добавлено в репозиторий BOINC, и исправление будет применено после выпуска версии клиента 7.26.0. А до этого момента, чтобы запустить приложение AVX512, вам может потребоваться переключиться на анонимную платформу.

Мы хотели бы напомнить вам, что хотя сервер Boinc способен найти наиболее эффективное приложение для каждой конкретной системы с учетом множества факторов, через некоторое время он начнет отправлять подходящее приложение для каждой конкретной системы. Это означает, что даже если ваш процессор поддерживает инструкции AVX512dq, он все равно может получать задачи FMA или AVX, и вам не о чем беспокоиться. В таком случае вы можете попробовать так называемую анонимную платформу, где ваш клиент будет явно запрашивать приложение AVX512.
https://asteroidsathome.net/boinc/forum_thread.php?id=988
Приятного счета и спасибо за вашу поддержку!
Команда Asteroids@home

[Programma_Boinc]

Новогоднее соревнование на boincstats будет по отечественному проекту распределённых вычислений Gerasim@Home

Присоединяйте Ваши команды для увеличения вычислительных мощностей: https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1119

[Programma_Boinc]

Уважаемые участники SiDock@home.

Мы успешно достигли 21 важной вехи в нашей продолжающейся инициативе по открытию лекарств, и этот сильный, открытый и поддерживаемый сообществом проект по открытию лекарств продолжается.

В последнее время наши исследования были рутинными: виртуальный скрининг в одной и той же библиотеке на плеяду мишеней, связанных с короной. Однако эти усилия имеют решающее значение для развития наших исследований.

В настоящее время мы готовим публикации для двух наших завершенных задач (3CLpro и PLpro) и готовим почву для будущих целей по борьбе с наркотиками (здесь мы также планируем создать пул, в котором вы, участники, поможете нам принять решение о предстоящих целевых работах).

И последнее, но не менее важное: мы благодарим всех, кто пожертвовал криптовалюту или деньги. Сумма пожертвований на данный момент составляет 639 евро и 12 140 Gridcoin. Мы планируем использовать их для закупки препаратов и проведения скрининга in vitro. Как всегда, мы благодарны всем вам за ваш вычислительный вклад и обсуждения!
Мы с нетерпением ждем дальнейшей работы над SiDock@home.

С Рождеством всех и всего наилучшего Всем!
С наилучшими пожеланиями,
Наталья, Марко, Чртомир и Иней

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

[Programma_Boinc]

Установка программного обеспечения Boinc

Скачать для Windows
Чтобы внести свой вклад в World Community Grid, при иследовании Рака, Онкологии, Диабета и других болезней, установите программное приложение BOINC.
1. Найдите БОИНК
Найдите загруженный установщик BOINC. Местоположение будет зависеть от вашего браузера, а имя вашего установщика будет содержать разные символы в конце имени файла.
2. Установите
Дважды щелкните, чтобы запустить установщик, а затем следуйте появляющимся подсказкам.
3. Начните вносить свой вклад
Поздравляем, теперь вы подключены к World Community Grid и готовы внести свой вклад! Просто продолжайте использовать свое устройство, как обычно, и World Community Grid использует вашу свободную энергию для научных исследований.

Загрузить программное обеспечение для Windows.
https://www.worldcommunitygrid.org/download
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Прикреплённый файлwin_install_1.jpg (14,66 Кбайт, скачиваний: 12)
Прикреплённый файлwin_install_2.jpg (29,63 Кбайт, скачиваний: 10)
Прикреплённый файлwin_install_3.jpg (76,54 Кбайт, скачиваний: 12)

[Programma_Boinc]

Дорогие друзья, мы получили результаты для различных целей SARS-CoV-2. Вычисления продолжаются, и мы хотим узнать ваше мнение о следующей цели. Проголосовать за одного из них можно до 5 февраля 2024 года.

Дальнейшие исследования основной протеазы SARS-CoV-2 (3CLpro)
Это важнейшая терапевтическая мишень против SARS-CoV-2. 3CLpro (цистеиновая протеаза; EC 3.4.22.69), в частности, имеет решающее значение для расщепления полипротеинов коронавируса с образованием зрелых неструктурных белков, которые сами по себе необходимы для механизмов репликации вируса. Нам все еще нужно гораздо больше исследований по этой цели в поисках новых, более мощных ингибиторов.

Гликопротеин вируса Эбола (GP).
Вирус Эбола является опасным патогеном для человека, и эта мишень может стать идеальным примером для исследования сценария разработки лекарств типа ИПП. Гликопротеин EBOV (GP) является единственным экспрессируемым вирусом белком на поверхности вириона и имеет решающее значение для прикрепления к клеткам-хозяевам и катализа слияния мембран.

Коронавирус синдрома острой диареи свиней (SADS-CoV PLpro).
Эта цель позволит нам изучить дизайн на нескольких связанных вирусных мишенях. Коронавирус синдрома острой диареи свиней (SADS-CoV), недавно появившийся кишечный коронавирус, считается связанным с синдромом острой диареи свиней (SADS), который нанес значительный экономический ущерб свиноводству. Патоген указывает на потенциал перехода к хозяину.

https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=268#2178

Голосование: https://www.sidock.si/sidock/poll_vote.php?...817062725491122

[Programma_Boinc]

Обновление исследования от команды OPN (февраль 2024 г.)

Скрытый текст

Обновление исследования от команды OPN (февраль 2024 г.)

Команда Open Pandemics выпустила новые рабочие модули, нацеленные на ДНК-полимеразу цитомегаловируса.

Проект: OpenPandemics - COVID-19 Опубликовано: 14 февраля 2024 г.

https://www.worldcommunitygrid.org/research/opn1/overview.do

Терминология

- ДНК-полимераза: фермент, состоящий из нескольких субъединиц, который строит ДНК путем сборки нуклеотидов.
Фон
https://www.scripps.edu/

Ученые из Scripps Research проводят молекулярное моделирование, чтобы найти возможных кандидатов для разработки методов лечения вирусов, включая COVID-19. Это исследование требует огромных вычислительных мощностей для проведения миллионов смоделированных лабораторных экспериментов. Молекулы, идентифицированные как многообещающие кандидаты, затем проверяются в лабораториях сотрудниками команды OPN.

Обновление рабочего подразделения

Новые исследовательские подразделения нацелены на ДНК-полимеразу цитомегаловируса, распространенного вируса, который особенно вреден для беременных или людей с ослабленным иммунитетом. Цель состоит в том, чтобы идентифицировать малые молекулы, связывающиеся с одной из субъединиц полимеразы, предотвращая ее взаимодействие с другой субъединицей полимеразы и тем самым нарушая сборку функциональной полимеразы. Около 40 миллионов молекул энамина будут смоделированы для выявления кандидатов для исследования и оценки нашими сотрудниками.

Рисунок 1. Цитомегаловирусная инфекция пневмоцитов (автор изображения: доктор Йель Розен, США. Изображение доступно по лицензии Creative Commons Attribution-Share Alike 2.0 Generic Licence)
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.0/

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

[attach=#0][/attach]